長い間、悪と戦い続けていた正義の戦士ミラクルマスクも年老いて、その偉大な力も弱まりつつあった…。そして時代は再び邪悪な暗黒の深い闇に包まれていった…。文明の悪魔、サタンクロスはその勢力を拡大させてゆき、幼き小学生を拉致して悪の戦闘員として教育する計画を進めていた。拉致され生き残った5人の少年少女達は脱獄を計画するが、失敗し絶体絶命になる。だが、ミラクルマスクは死ぬ間際に5人の少年達に正義の力「ミラクルフォース」を与えるのだった。サタンクロスの悪い大人達に苦しめられてきた子供たちはミラクルファイブとなり、五つの力を一つにして悪の組織を滅ぼすまで戦うのだ！しかし、女の子のミラクルホワイトが捕らえられ大ピンチに…！ミラクルファイブは5人で一つ…。果たして小学戦隊は本当に邪悪な大人や怪人に勝てるのか！？